計算機科學與技術系是在我校計算數學等專業的基礎上于1982年成立，是國內最早的同類科系之一，曾用名為計算機與系統科學系和計算機科學系，先后設有計算機軟件、控制理論和系統工程等專業；1991年，根據學科發展需要，分別成立了計算機科學系和系統科學系。2001年獲批另行成立國家示范性軟件學院。2007年，智能科學與技術系另行成立，2021年改名計算機科學與技術系（簡稱計算機系）。

  計算機科學技術系擁有完整的高端人才培養體系，包括博士后科研流動站、工學博士、工程博士、工學碩士及工學學士授予點，招收博士生、學術型、專業型碩士生及計算機技術工程碩士生、本科生等。計算機系涵蓋兩個一級學科：計算機科學與技術，網絡空間安全。三個二級學科： 計算機應用技術，計算機軟件與理論，計算機體系結構。計算機科學與技術為福建省重點一級學科,計算機軟件與理論及軟件工程為省重點二級學科，是國家“卓越工程師計劃”人才培養單位，計算機科學與技術本科專業為國家一流本科專業。曾先后獲得國家“211工程”一期、二期和“985工程”一期、二期創新研究平臺項目支持，其中視頻與圖像信息處理是立項支持的重點研究方向之一。

  計算機系現設有三個研究所(與三個二級學科對應)和一個公共計算機教學部。公共計算機教學部承擔全校理工、經濟、人文、藝術等非本學科各學院各系的計算機基礎和程序設計課程。

        計算機系擁有富有活力、實力雄厚的師資隊伍， 45歲及以下年青教師占近80%，未來每年還將持續引進多批次高水平人才。我系在軟件算法與理論、未來視頻技術、計算機視覺與機器學習、數據庫理論及其應用、大數據處理與計算智能、醫學信息處理與數字醫療技術、空間感知與遙感信息處理、計算機網絡與信息安全、智能系統、智能多媒體技術、數據挖掘方法、系統軟件與軟件工程、計算方法及應用、生物信息處理、高性能存儲系統等具體方向上開展了卓有成效的研究工作。近五年已在國內外有影響力的學術刊物上發表數百篇文章(SCI、EI收錄檢索的論文)，包括IEEE Trans. PAMI, IEEE Trans. on Computers, IEEE Trans. on VCG, IEEE Trans. on IP，計算機學報，軟件學報，CCF A類會議IJCAI, ACM Multimedia等，獲得省部級獎3項。我系教師積極開展科學研究，已經完成或正在承擔一大批科研項目，包括海峽聯合基金項目、國家973子題、國家863計劃項目、國家自然科學重大儀器專項、面上基金、青年基金、福建省科技重大項目基金、總裝預研項目，以及較大量的企事業單位委托項目等。