北京大學的馬克思主義理論研究和教育的歷史最早可以追溯到五四時期。1918年，李大釗、高一涵等在北大組織了我國最早的馬克思主義研究團體，名為“馬客士主義研究會”。1920年3月，在李大釗的帶領下，又秘密發起成立“北京大學馬克思學說研究會”，并于1921年11月17日在《北京大學日刊 》上刊發《啟示》：“本會叫做馬克思學說研究會，以研究關于馬克思派的著述為目的”，正式公開宣布研究會的成立，由鄧中夏、黃日葵、 高君宇、何孟雄、羅章龍、劉仁靜等19人列名發起。研究會在研究、傳播馬克思主義方面，做過大量的工作，起過重要的作用。從1921年起到1926年，在《北京大學日刊》上都能看到研究會發布的各種《通告》和《啟示》。

　　在中國大學中第一次把馬克思主義理論正式列入課程，公開講授，并對學生進行考核，也是在北京大學從李大釗開始的。自1920年起，李大釗在北京大學史學系、經濟系、法律系和政治系先后開設了“唯物史觀”、“工人的國際運動與社會主義的將來”、“社會主義與社會運動”等馬克思主義理論課。在30、40年代，北京大學的一些教授也曾在經濟系、政治系開設馬克思主義理論的課程。中華人民共和國誕生后，北京大學成立了“新民主主義論教學委員會”，由許德珩、馮 定、胡世華、許寶祿、樓邦彥、楊晦、金克木、王鐵崖等教授開設專題講座，張友仁、汪子嵩、李由義、趙寶煦、許世華等任助教。何干之教授等也被聘請來校授課。此后，又成立了“政治課教學委員會”，開設了“辯證唯物主義與歷史唯物主義”、“社會發展史”、“中國革命史”等課程，從校外又邀請了艾思奇、胡繩、何思敬等著名學者來校授課。1952年院系調整后，北京大學成立了“馬列主義基礎教研室”和“中國革命史教研室”，負責全校“馬列主義基礎”和“中國革命史”兩門課程的教學。1959年，北京大學成立“ 馬列主義基礎教研室”，統管全校馬克思主義理論課的教學，由校長陸平兼任教研室主任。1964年又集中成立了“公共政治理論課研究室”。1978年4月 ，學校重建“馬列主義教研室”。1980年，學校成立了“馬列主義研究所”，是從事馬克思主義理論特別是科學社會主義理論的科研機構。1985年，學校成立“馬克思主義理論課教學指導委員會 ”。這些機構，曾經為組織全校的馬克思主義理論教育教學作出了歷史性的貢獻。

　　1992年3月17日，學校作出《關于建立北京大學馬克思主義學院的決定》，指出 ：“建立馬克思主義學院是全面貫徹黨的教育方針、端正辦學指導思想、落實德育首位的一個重要措施。該學院在學校黨委和行政的領導下，負責統一組織全校馬克思主義公共理論課的教學和思想政治課的教育，開展馬克思主義的理論研究，承擔高等學校馬克思主義理論課教師和黨政干部的理論培訓任務，并接受學校委托，組織校內各方面的理論力量開展理論研討活動，逐步把學院建設成我校一個馬克思主義理論的教育、研究和培訓基地，成為思想政治教育的一個重要陣地”。1992年4月2日，學校召開大會，宣布學院的正式成立。