北京大學公共衛生學院始辦學于1931年，其前身為國立北平大學醫學院衛生學教研室。1952年，全國高校院系調整，北京大學醫學院脫離北京大學獨立建院，1956年更名為北京醫學院公共衛生學系。1985年6月更名為北京醫科大學公共衛生學院。2000年北京醫科大學與北京大學合并，組建新的北京大學，北京醫科大學更名為北京大學醫學部，公共衛生學院為北京大學醫學部的一部分。經過90多年的發展，從當初的不足10人，發展到今天擁有260多名教職工，學科門類齊全，在校各類學生近千人的在國內最具實力的公共衛生學院之一。學院培養出的本科生、研究生遍布國內外，大多數成為預防醫學、公共衛生、衛生事業管理及醫學教育等領域的中堅和骨干。

北京大學公共衛生學院設有十個系、兩個研究所、一個研究中心、一個研究院共十四個實體，即流行病與衛生統計學系、勞動衛生與環境衛生學系、營養與食品衛生學系、婦幼衛生學系、毒理學系、衛生政策與管理系、社會醫學與健康教育系、全球衛生學系、衛生檢驗學系、生物統計系、北京大學兒童青少年衛生研究所、北京大學生育健康研究所、北京大學中國衛生發展研究中心、北京大學首都衛生與健康發展研究院。現有國家重點學科1個（流行病與衛生統計學），國家重點培育學科暨北京市重點學科1個（兒少衛生與婦幼保健學），省部級重點實驗室5個（國家衛生健康委生育健康重點實驗室、國家中醫藥管理局中藥配伍解毒重點研究室、北京市食品安全毒理學研究與評價重點實驗室、教育部重大疾病流行病學重點實驗室、國家衛生健康委衛生體系改革與治理研究重點實驗室）。學院有循證醫學中心、艾滋病預防研究中心、營養與保健食品評價中心、預防醫學實驗教學中心、北京大學衛生應急管理中心、老年健康服務研究中心、藥品上市后安全性研究中心等多個聯合研究中心。截至2024年3月31日，我院有各類人員259人，在編教職工189人，全職博導98人（學科112）。其中，正高（教師）52人，副高（教師）72人，講師、助理研究員（教師）23人，教輔27人，行政管理人員15人，在站博士后40人，非事業編制人員30人。在校本科生417人，學術學位碩士生197人，專業學生碩士生191人，統招博士342人，合計各類在校學生1147人。

公共衛生學院現設有預防醫學本科專業，2001年起經國家教育部批準，試辦預防醫學專業長學制教育，學制七年，第六年起進入二級學科培養，畢業后授予碩士學位。學院有流行病與衛生統計學、勞動衛生與環境衛生學、營養與食品衛生學、兒少衛生與婦幼保健學、衛生毒理學、全球衛生學、社會醫學與衛生事業管理七個二級學科專業培養碩士和博士研究生。學院有公共衛生和預防醫學博士后科研流動站，可以接受各個學科畢業博士生進站從事科研工作。2003年開始招收公共衛生碩士(MPH)。2009年面向應屆本科畢業生招收全日制公共衛生專業學位碩士研究生，作為教育部研究生專業學位教育綜合改革試點單位之一，實踐與探索全日制MPH培養模式。2015年作為教育部批準的深化專業學位研究生教育綜合改革首批試點單位之一，學院積極探索開展了公共衛生博士專業學位（DrPH）的人才培養。公共衛生博士專業學位培養旨在將公共衛生領域的博士研究生培養成為公共衛生政策制定、公共衛生實踐、公共衛生科學研究，以及從事公共衛生教學的高級專門人才。為加強實踐教學，學院在北京、青島、深圳等國內多地建立了27個預防醫學專業實踐教學基地，在非洲馬拉維和亞洲緬甸建立2個國外教學科研基地，已經連續15年圓滿完成長學制學生在基地的專業實踐培訓。

近年來，公共衛生學院承擔科技部重大研發專項、國家自然科學基金、部委基金和國際合作等科研項目200余項。獲各類科研成果獎50多項。其科學研究和教育水平在國內公共衛生領域處于領先地位。公共衛生學院在教學和科研方面與世界衛生組織(WHO)、聯合國兒童基金會(UNICEF)、美國疾病控制中心(CDC)、美國中華醫學基金會(CMB)等國際組織保持良好合作關系，并與美國哈佛大學、耶魯大學、約翰·霍普金斯大學、杜克大學、北卡大學、密西根大學，英國熱帶病學院，澳大利亞悉尼大學、拉籌伯大學、格里非斯大學，新西蘭奧克蘭大學，韓國漢城大學、延世大學，日本東京大學、大阪大學，香港中文大學等境外大學建立了良好的交流和合作關系。