南京大學哲學系的前身是中央大學哲學系，創立于1920年。1952年院系調整時撤銷系建制，1960年恢復設立政治系哲學專業，1977年恢復哲學系，2000年在哲學系編制內設立宗教學系。本系另一源頭為民國時期另一哲學重鎮——金陵大學哲學系。在數十年歷史中，劉伯明、湯用彤、宗白華、方東美、唐君毅、牟宗三、程石泉、倪青原、殷海光、熊偉、陳康、苗力田、潘菽、孫叔平、孫伯鍨等一批哲學大師和著名學者曾先后在本系任教。1978年，以本系教師胡福明為主要作者的《實踐是檢驗真理的唯一標準》一文，在當時的思想解放運動中產生了歷史性重大影響，并直接成為改革開放的理論先聲。在數代學者的努力下，本系形成了既注重學科基礎研究、又關注現實社會生活的優良傳統，迄今已發展成為人才培養層次完備，師資力量雄厚，學科齊全，研究成就顯著，在國內外有重要影響的哲學教學與研究基地。

本系是我國首批獲得博士學位授予權的哲學系之一。2002年成為哲學一級學科博士學位授權單位，下設馬克思主義哲學、中國哲學、外國哲學、邏輯學、倫理學、宗教學、科學技術哲學、東方哲學與宗教(自設)等八個博士點和相應碩士點，其中馬克思主義哲學為全國重點學科，宗教學為江蘇省重點學科，并設有涵蓋上列所有學科的哲學博士后流動站。哲學一級學科于2008年被遴選為江蘇省一級學科重點學科，2009年被遴選為國家一級重點學科培育建設點。本系還主持南京大學馬克思主義理論一級學科博士點與碩士點的建設工作。各學科均可接受訪問學者、進修教師和海外留學生。

本系擁有一批學術造詣深厚，教學經驗豐富，在海內外學界有重要影響的老中青學術帶頭人和學術骨干，其中有國務院學位委員會學科評議組成員1人，教育部社會科學委員會委員1人，國家社科基金評審專家3人，享受國務院政府特殊津貼專家14人，中央和教育部馬克思主義理論研究與建設工程首席專家3人，教育部“跨世紀優秀人才培養計劃”2人、“新世紀優秀人才培養計劃”6人，全國宣傳文化系統“四個一批”人才2人、江蘇省宣傳文化系統“五個一批”人才2人，“新世紀百千萬人才工程”國家級人選1人，江蘇省333工程培養對象13人，全國優秀博士學位論文獲得者3人，國家社科基金重大攻關課題和教育部人文社會科學重大招標課題首席專家7人，國家級精品課程主持人2人，國家級優秀教學團隊1個，江蘇省教學名師1人。本系中青年學術骨干隊伍建設成效突出，在現職31位博導中，50歲以下中青年教授有16人，一批40歲以下的青年博士也已在學術界嶄露頭角。

改革開放以來，本系在教學、科研和學科建設上取得了豐碩成果，其中既有在國內外處于領先地位或先進水平的基礎理論成果，也有直接服務于經濟社會文化發展的應用型成果。進入新世紀以來，在“985工程”的推動下，本系通過各二級學科的優化組合、通力合作，以重點學科建設為龍頭帶動學科整體發展，各學科均承擔了許多國家和省部級重要科研項目，取得了一批在海內外有重要影響的科研成果，學科建設取得了新的重大進展。本系主持的“當代資本主義研究中心”和“宗教與文化研究中心”均入選國家哲學社會科學創新基地，是全國哲學院系中唯一主持兩個一級創新基地的單位，“馬克思主義社會理論研究中心”入選教育部人文社會科學重點研究基地，“儒道佛與中國傳統文化研究中心”入選江蘇省哲學社會科學重點研究基地。此外，本系教師還主持了南京大學馬克思主義研究院、中華文化研究院、旭日佛學研究中心、儒學與基督教比較研究中心、中國哲學與宗教文化研究所、猶太文化研究所、現代邏輯與邏輯應用研究所、科學技術與社會研究所、東方哲學與宗教文化研究所、東方道德研究中心等校級科研機構，以整合校內外相關資源，開展跨學科交流與合作。本系主持的《社會批判理論紀事》、《禪學研究》、《宗教研究》、《中國佛教藝術》等刊物也在學界有重要影響。

在人才培養方面，本系十分注重學生的全面素質和創新能力的培養，著眼于培育基礎扎實、知識面寬、適應性強的復合型人才，實行課堂教學、學術活動、社會實踐相結合的“三元”教學模式，全面提高學生的綜合素質。在本科生培養方面，本系貫徹落實學校提出的“三三制”培養方案，從學術研究型、學術交叉型、就業創業型三個層次，全面推進我系的本科人才培養工作，取得了顯著成效，入選“教育部高等學校本科一類特色專業建設點”和“江蘇省高等教育人才培養模式創新實驗基地”。在研究生培養方面，本系各學科均以“建設一流學科、培養一流人才”為宗旨，注重培養研究生自主獲取學術資料及把握前沿學術問題的能力、建構創新性學術觀點及以符合學術規范的方式闡述其觀點的能力。本系主持的“江蘇省馬克思主義與哲學領域研究生創新與學術交流中心”和以本系研究生為主體的“博士論壇”在校內外有著廣泛影響。本系已獲得3篇全國優秀博士論文，7篇江蘇省優秀博士論文，獲得江蘇省和南京大學研究生創新工程項目的數量在南大文科名列前茅。本系積極組織和鼓勵學生參與多種形式的國際交流活動，人才培養國際化取得顯著成效。多年來，本系培養了一大批哲學及相關學科教學科研高級專門人才和管理決策人才。各層次畢業生均以較強的理論素養和實際工作能力、高度的社會責任感和健全的心理素質而享有良好的聲譽。

本系致力于加強對外交流與合作，努力在國際化的平臺上建構一流的哲學系。為此，我們聘請了來自世界各國的十多位著名哲學家擔任本系的兼職教授，并與國外十多所著名大學的哲學系和相關研究機構建立了穩定的合作與交流關系，舉辦了十多次有重要影響的國際學術會議。每年均邀請數十位海外知名學者來系訪問講學，并有多人到國外或臺港澳地區訪問講學或參加學術會議，取得了良好成效。

本系具有良好的教學、科研條件。哲學系圖書資料室藏書30多萬冊（含《馬克思恩格斯全集》原文版（MEGA2）已出版的全部文獻、《海德格爾全集》、《四部叢刊》、《四部備要》、《中華大藏經》、《道藏》等重要典籍），中文期刊600多種10000多冊，外文期刊50多種2000多冊，并和一些國家和地區的大學哲學系建立了緊密的資料交流關系。

秉承“誠樸雄偉、勵學敦行”的南京大學校訓，本系全體師生正以高度的歷史使命感與責任感，向著建設國際一流哲學系的宏偉目標銳意進取，開拓創新，為中華民族的偉大復興和當代社會文化事業的發展，做出“南哲人”的新貢獻。