藥學院原為長春中醫學院中藥系，學校1959年設中藥學專業，1978年始招本科生，1980年建中藥系，2001年更名為藥學院，是吉林省中藥學、藥學類高級專門人才培養基地。在校本科生、碩士研究生、博士研究生總計2800余人。學院師資力量雄厚，教職工112人，其中教授24人，副教授38人，高級實驗師5人，博士研究生導師48人、碩士研究生導師80人；國家級課程思政教學團隊1個，省級教學團隊2個，吉林省優秀教學團隊3個，省教學名師4人。

現有一級學科（中藥學）博士后科研流動站1個、博士學位授權點1個，一級學科（中藥學、藥學）碩士學位授權點2個、碩士專業學位授權點2個。本科專業8個，其中國家級特色專業1個、國家級一流專業建設點2個，國家級人才培養模式創新實驗區1個、省級一流專業4個，中外合作辦學專業1個。中藥學專業2019年通過教育部專業認證，建立中藥學“基地班”開展中藥學拔尖人才培養改革，2020年獲吉林省計劃實施基礎科學中藥拔尖人才培養試驗項目。制藥工程專業卓越工程師班與修正藥業集團開展定制班培養，生物制藥專業金賽定制班成功入選吉林省緊缺人才培養定制班首批培育項目。

學院擁有國家級虛擬教研室1個，國家和省部級重點實驗室、研究室、工程中心等科研教學平臺15個，校外實踐基地39個；吉林省A類優秀基層教學組織（引領示范類）課程組1個，國家級一流課程4門，國家級課程思政示范課程1門，省級一流課程7門、省級精品在線課程3門，省級虛擬仿真示范課程4門。承擔全國規劃、統編、創新教材編寫45部，其中主編13部。中藥實驗教學團隊和中藥學“兩段雙向型”人才培養創新團隊被評為省級優秀教學團隊。學院建有“七星百草園”實踐教學基地；同時與省內外39個醫藥企事業單位建立穩定的實踐教學基地，作為國家級大學生創新創業訓練基地，承擔國家和省大學生創新創業訓練項目114項。取得省級教學成果二等獎1項，校級獎5項。

共承擔科研課題162項，其中國家自然科學基金、重大新藥創制及國家各部委項目29項。取得省部級以上科研成果47項，其中科技進步獎22項，為吉林省地方經濟做出了巨大貢獻。

60多年來培養各級各類藥學人才10000余人。絕大多數都已成為藥學事業的骨干。他們中有國內外知名的藥學專家，有國家各級政府、醫藥企事業單位的領導。近五年學生就業率均在93%以上，且供不應求。與韓國大邱韓醫大學、日本靜岡大學、韓國世明大學等建立了合作交流關系。