湘雅藥學教育伴隨醫學教育始于1914年，培育出劉耕陶院士等杰出校友。藥學作為獨立的本科教育始于1985年，1996年建立藥學系，1997年開始面向全國招收4年制藥學專業本科學生。2002年由原湖南醫科大學藥學系、基礎與臨床藥理研究所、湘雅附屬三所臨床學院的藥學學科組建藥學院，2016年11月更名為中南大學湘雅藥學院。2018年開始招收臨床藥學專業本科學生。

目前形成了藥物基因組學、心血管藥理學、臨床藥學、器官纖維化創新藥物研發、特殊遞送系統制劑研發、模型引導的藥物研發和個體化精準用藥等多個特色學科方向，學科涵蓋從藥物研發到使用的各個環節，并相互支撐形成了強大的學科群優勢。已建成藥物基因組應用技術教育部工程研究中心、藥物評價技術國家地方聯合工程實驗室、心血管研究湖南省重點實驗室、遺傳藥理學湖南省重點實驗室、慢病診療小分子藥物發現與轉化湖南省重點實驗室、器官纖維化湖南省重點實驗室、藥物制劑優化與早期臨床評價湖南省工程技術研究中心、湖南省貼劑類經皮遞藥系統工程技術研究中心等國家級和省級科研平臺。是國家個體化診療技術國家工程研究中心的重要組成單位。是第一批國家級藥學博士后科研流動站。

湘雅藥學學科上榜US News、QS、ARWU、泰晤士世界四大學科排行榜，2022年在泰晤士排行榜學科專業排名為A+，軟科排名為A。2023年軟科學排名進入全球前50名，位居國內第4名，藥理學與毒理學進入ESI前1‰。2019年藥學入選國家一流本科專業建設點，2022年臨床藥學入選湖南省一流本科專業建設點。臨床藥學建設主要依托湘雅三所直屬附屬綜合性醫院，湘雅臨床藥學處于全國前列，在前兩批15家國家臨床藥學重點專科建設單位遴選中，湘雅有兩家附屬醫院入選（其中第一批1家，第二批1家）；近年來在復旦大學舉辦的臨床藥學排行榜評分體系中，湘雅醫院臨床藥學成為科研評分的參考標桿。在教育部組織的歷次學科評估中，湘雅藥學學科始終處在優勢方陣中。

以周宏灝院士為首席科學家的湘雅藥學師資團隊，現有教師100余人,高級職稱教師以及具有博士學歷的教師均占比80%以上。教師中有國家級和省級各類人才30余人，其中9人入選全球前2%頂尖科學家、5人入選全球前10萬學術影響力排行榜、3人入選全球高被引學者。受聘于學科的兼職教授包括有國內知名中藥資源學家、何梁何利基金科學與技術獎獲得者、廣州市“珠江科技新星”等一批中青年優秀人才。學院目前開設藥學、臨床藥學兩個本科專業，具有藥學學術學位碩博士授予權、藥學專業學位碩士授予權、生物與醫藥專業學位碩博士授予權，共有在校本科生480余人、碩博士研究生650余人。

2002年建院以來，先后獲得973/863重大科技計劃、國家重點研發計劃、國家重大新藥創制專項、國家自然科學基金（包括重大研究計劃、重點項目等）、國際科技合作專項、教育部新世紀人才支持計劃等國家級項目200余項。教師發表科學研究論文2000余篇，獲得入校經費超3億元。同時，學院積極對接“一帶一路”，擴大國際視野，加強國際合作與交流，目前與加拿大女王大學、加拿大滑鐵盧大學、澳大利亞莫納什大學、烏茲別克斯坦塔什干制藥研究院、香港浸會大學、澳門大學等知名大學和研究機構開展了教學科研合作。

學院始終瞄準生物醫藥的前沿領域，積極響應“健康中國”國家戰略。以臨床重大問題為導向，圍繞器官纖維化、糖尿病腎病、肺動脈高壓、腫瘤等領域開展創新藥物研發，取得多項處于國際先進水平的成果，相關專利轉讓總合同金額超 2 億元，其中 WZY-314 的單項轉讓合同金額近億元。自主研發的多個藥物篩選平臺和數據庫系統（如ADMETlab、DDInter、OptADMET、ChemFH、ChemoPy、 BioMedR等）已成為藥物設計領域的基礎工具，被知名藥企和國內外同行（Pfizer、Merck、Novartis、哈佛大學、北京大學、上海藥物所等）廣泛采用，累計訪問量達980萬余次，為促進CADD的學科發展和藥物研發的技術進步做出了貢獻。自主研發的全球首個精準給藥“基因臉譜”數字化系統平臺入選湖南省 2021 年十大科技新聞。自主研發的臨床藥理建模與統計云平臺（CPhaMAS）填補了國內空白。學院與眾多醫藥企業密切合作，通過幫助企業科學合理制定藥物研發策略和試驗方案，為企業顯著提升研發效率、節約大量研發成本，助力數十個創新藥或仿制藥的上市。依托產學研合作平臺，孵化培育了多家藥物研發公司，為服務區域經濟、帶動湖南醫藥產業的發展作出了重要貢獻。