1979年，學校成立系統工程系（自動化系）和系統工程研究所，這是國內最早成立的系統科學與系統工程的教學與科研機構。著名科學家錢學森專程到?？疾煜到y工程本科專業學生培養工作，并在系統工程研究所成立大會上發表講話。同年，與美國麻省理工學院斯隆管理學院正式簽訂校際合作協議，這是改革開放后上海市最早的中外合作辦學項目。

1981年，與美國麻省理工學院斯隆管理學院等高校合作，開始舉辦全英文授課碩士班。1983年，美國《華爾街日報》發表專題報道，認為“此舉開創了中國MBA教育的先河”。

1992年，系統工程系和系統工程研究所合并成立系統科學與系統工程學院。1999年，更名為管理學院。2004年，上海醫療器械高等?？茖W校管理系劃歸管理學院。2005年，由中國科學院系統科學研究所、上海理工大學、北京師范大學合作組建上海系統科學研究院。錢學森親自題詞命名。

學校商學院始建于1988年，淵源可追溯到1921年滬江大學創辦的商業管理系。1996年，商學院與上海機械高等?？茖W校的管理工程系合并重組成立新的商學院。

2006年，管理學院與商學院、工商管理MBA教育中心合并重組成立新的管理學院。2009年，學校城市建設與環境工程學院交通工程系劃轉至管理學院。

2018年5月，學院正式通過AACSB（The Association to Advance Collegiate Schools of Business,簡稱AACSB）國際認證，學校成為大陸地區第20所、上海市第6所通過AACSB國際認證的大學，也是非教育部高校中首個通過AACSB國際認證的大學，標志著學院進入國際精英商學院序列。2020年12月，學院成為EFMD正式會員。2021年12月，學院正式加入聯合國全球契約組織“責任管理教育原則”（The Principles for Responsible Management Education,簡稱PRME），成為中國（含港澳臺地區）第28所簽署高校。

學院下設10個系和2個中心：信息管理與信息系統系、工業工程系、會計系、工商管理系、公共管理系、財政稅務系、金融系、國際經濟與貿易系、系統科學系、交通系統工程系，專業學位教育中心、高級管理者培訓與發展中心。另設有上海系統科學研究院、上海市工程管理學會、上海市人民政府發展研究中心——上海理工大學“基于互聯網+的上海創新發展”決策咨詢研究基地、中國周邊經濟研究中心、“十四五”上海民政科研基地（民政事業殯葬研究方向）、上海理工大學智慧應急管理學院、上海理工大學智慧城市交通研究院、上海理工大學電子商務發展研究院、上海理工大學滬江產業經濟研究所、上海理工大學區域規劃與交通運輸系統研究所、上海理工大學中小銀行研究中心、上海理工大學財政金融研究院、上海理工大學人機集成聯合研究中心、上海理工大學超網絡研究中心等研究機構。

學院已實現多類型、多層次辦學模式。學科涉及四個學科門類：管理學門類下的管理科學與工程、工商管理、公共管理3個學科；經濟學門類下的應用經濟學1個學科；理學門類下的系統科學1個學科；工學門類下的交通運輸工程、系統工程2個學科。

學院設有12個本科專業：信息管理與信息系統、管理科學、工業工程、工商管理（中美合作）、會計學、公共事業管理、金融學、稅收學、國際經濟與貿易、人工智能、交通工程、系統科學與工程；一級學科博士學位授權點2個：管理科學與工程、系統科學；一級學科碩士學位授權點6個：管理科學與工程、系統科學、應用經濟學、公共管理、工商管理、交通運輸工程；碩士專業學位授權點11個：工商管理碩士、公共管理碩士、工程管理碩士、國際商務碩士、金融碩士、會計碩士、稅務碩士、交通運輸碩士、工業工程與管理、項目管理、物流工程與管理；博士后科研流動站2個：管理科學與工程，系統科學。其中系統科學、管理科學與工程是上海市高水平學科，應用經濟學（經濟系統運行與控制）是上海市教委重點學科。在全國高校第四輪學科評估中“系統科學”排名第3，“管理科學與工程”排名第19。在全國第五輪學科評估中，“系統科學”取得歷史性突破，進入國家第一梯隊，“管理科學與工程”繼續保持領先優勢。

目前學院有教職工307人，專任教師232人，其中國務院學科評議組成員2人，國家自然科學基金優秀青年基金1人，教育部高等學校管理科學與工程類專業教指委委員2人，全國優秀教師1人，教育部新世紀優秀人才支持計劃2人，教育部霍英東基金青年教師1人，王寬誠育才獎1人，寶鋼優秀教師2人，上海市青年拔尖人才1人，上海市領軍人才2人，上海領軍（海外）3人，上海市教育委員會曙光計劃5人，上海市教育系統首屆科研新星1人，上海市浦江人才計劃15人，上海市育才獎2人，上海市青年科技啟明星計劃2人，上海市晨光計劃2人，上海市揚帆計劃5人，上海市超級博士后3人，科技智庫青年人才計劃2人。全院具有正高級職稱人員34人，副高級職稱103人，具有博士學位236人。

近三年，學院獲批立項國家級項目39項，其中國家自科基金項目29項，國家社科基金項目10項，各類科研項目到款4617萬元；發表A類論文920篇，SCI/SSCI論文538篇；有190多份咨詢報告被全國政協、中辦、中宣部、上海市委市政府等采納，并獲國家領導人、上海市領導等批示；出版專著35部、編著44部；完成發明專利41項；完成軟件著作權35項。

學院現有1個本科中美合作辦學項目。與美國威斯康辛大學、法國布雷斯特商學院、美國新澤西州立羅格斯肯頓商學院、澳大利亞科廷大學、新加坡管理學院簽訂了合作協議，每年邀請大量外籍教師來院為合作辦學項目授課和講學，選派大量學生赴境外學習交流，接收了來自瑞典、德國、美國等國家的國際交流生百余人來院學習。