沙漠治理學院成立于2016年6月3日，其淵源可追溯至1960年在原內蒙古林學院成立的中國第一個沙漠治理專業和1983年成立的水土保持專業。1997年水土保持專業土地規劃與管理專業方向招生，1999年設立土地資源管理專業。2001年設立資源環境與城鄉規劃管理專業，2013年調整為人文地理與城鄉規劃專業。2020年土地資源管理專業土地整治工程專業方向招生，2021年設立土地整治工程專業。

學院現有教職工65人，其中專任教師52人；教授13人，副教授20人；具有博士學位的專任教師44人，碩士學位8人；博士研究生導師11人，碩士研究生導師32人。獲批“水土保持與荒漠化防治”自治區教學團隊，“防沙治沙”自治區科技創新團隊，“黃河流域多沙粗沙區生態修復理論與技術”自治區科技創新團隊。在校生1450人，其中，本科生1181人，碩士研究生236人，博士研究生33人。

學院下設沙漠治理與水土保持系、土地資源管理系、土地整治工程系3個專業教學機構和1個本科實驗教學中心，現有水土保持與荒漠化防治、土地資源管理、土地整治工程3個本科專業。其中，水土保持與荒漠化防治專業為自治區品牌專業（2005年），自治區重點建設專業，2019年獲批國家一流本科建設專業。《治沙原理與技術》是自治區精品課程（2005年）和國家精品課程（2007年）。

水土保持與荒漠化防治學科是一級學科，國家重點（培育）學科（2008年）、國家林業和草原局重點學科（2006年）、自治區重點學科（1985年），具有博士（2000年）、碩士（1984年）學位授權點。土地資源管理學科具有碩士學位授權點（2006年）。學院設有林學一級學科博士后流動站（2006年）和林業專業碩士學位授權點。

學院建有沙地生物資源保護與培育國家林業和草原局重點實驗室（1995年）、內蒙古自治區風沙物理與防沙治沙工程重點實驗室（2015年）、內蒙古杭錦荒漠生態系統國家定位觀測研究站（2015年）、國家林業和草原局文冠果工程技術研究中心（2016年）、荒漠生態系統保護與修復國家林業和草原局重點實驗室（2018年），與中國林業科學研究院沙漠林業實驗中心共建“國家林業草原防沙治沙工程技術研究中心”（2021年）。2008年財政部批準建設中央與地方共建高校特色優勢學科“風沙物理學”重點實驗室。內蒙古農業大學沙漠治理研究所（1983年）掛靠在沙漠治理學院，主辦國家中文核心期刊《干旱區資源與環境》（1986年）。

學院設沙地植物資源研究中心、國土整治與利用研究中心、碳匯計量與評估中心三個院級研究機構。在巴彥淖爾市磴口縣中國林業科學研究院沙漠林業實驗中心（2005年）、鄂爾多斯市準格爾旗（2016年）、包頭市利嘉置業有限公司（2017年）、內蒙古中元建筑規劃設計有限公司（2018年）、國能神東煤炭生態環境管理中心（2021年）建有5個“內蒙古農業大學實踐教學基地”。

經過60多年的建設發展及幾代教師的學術傳承和不斷開拓，學院已形成具有本科、碩士研究生、博士研究生、博士后完整的人才培養層次，為國家培養了近7000名合格人才。

學院在荒漠化防治、沙區植物資源保護與利用、沙產業開發、礦區生態恢復、水土保持與水土資源利用、國土整治與保護、村鎮規劃與景觀配置等方面形成了自己的特色和優勢。水土保持與荒漠化防治學科已體現出明顯的區位優勢、資源優勢和人才優勢及民族特色、文化特色，在國內同類學科中處于前列，在國際上有重要影響。

“十三五”以來，學院承擔國家重點研發、國家科技支撐、國家基金和省部級科技縱向課題100余項，累計經費1.4億余元；承擔橫向課題20余項，經費1500余萬元。形成可降解纖維PLA（聚乳酸纖維）沙障治沙技術和臭柏生態學特性研究及造林技術等為代表的系列成果。獲得內蒙古自治區科學技術進步一等獎2項、二等獎3項、三等獎2項，甘肅省科技進步一等獎1項，其它省部級獎勵10余項；獲批授權專利60余項；頒布國家、地方標準2項；發表科研論文400余篇，出版著作20余部。

中國治沙暨沙業學會沙區植物資源保護與利用專業委員會、中國水土保持學會風蝕防治專業委員會、內蒙古沙漠學會掛靠在沙漠治理學院。