園藝與植物保護學院組建于2018年，學院歷史可追溯到 1952年。新中國成立不久，在黨中央親切關懷下，國家抽調北京農業大學、河北農學院、山西農學院等院校優秀教師支援內蒙古建設，組建內蒙古畜牧獸醫學院，同時開始籌備蔬菜學、果樹學和植物保護學等專業。1958年開始招收植物保護、果蔬等本科專業。

目前，擁有園藝學和植物保護學2個一級學科博士學位授權點，農藝與種業和資源利用與植物保護2個專業學位授權點。學院現有園藝學1個自治區級“雙一流建設學科”；蔬菜學和果樹學 2 個自治區級重點學科和農業昆蟲與害蟲防治 1 個自治區級重點培育學科。擁有“內蒙古自治區野生特有蔬菜種質資源與種質創新重點實驗室”、“生物農藥創制與資源利用自治區高等學校重點實驗室”（培育建設）、“內蒙古自治區設施園藝工程技術研究中心”和“內蒙古自治區寒旱區作物保護工程技術研究中心” 4 個省級科學研究平臺，1個國家級中職教師設施農業生產技術培訓基地，1個中蒙俄設施園藝產業科技創新研究院；建有“作物土傳病害微生態調控院士工作站”和“草原昆蟲研究中心”（與中國科學院共建）。

學院現開設園藝（國家級一流專業建設點、自治區級品牌專業）、植物保護（國家級一流專業建設點，自治區級品牌專業）和設施農業科學與工程3個本科專業。現有教職工71人，其中教授21人，副教授17人，高級實驗師3人；博士生導師16人，碩士生導師33人，已取得博士學位教師50人；現有特聘院士2人(中國科學院院士和荷蘭皇家科學院院士各1名)，全國優秀農業科技工作者1人，自治區有突出貢獻的中青年專家1人，自治區新世紀“321”人才工程10人，自治區教育廳“111”人才工程3人，自治區“草原英才”7人，自治區“草原英才”團隊1個，國家產業技術體系崗位科學家2人，自治區級教壇新秀1人。

學院已形成學歷層次、職稱、年齡結構合理而穩定的師資隊伍。目前承擔著國家自然基金項目、國家863、973 、科技支撐計劃項目、公益性行業（農業）科研專項經費項目、國家重點研發計劃等共計 80 余項，與中國科學院、中國農科院、中國農業大學等科研院所有著密切的科研合作關系，并與美國、日本、德國、荷蘭、西班牙等國相關科研院所建立了良好的合作關系。

學院秉承教學、科研、生產、社會服務相結合模式，現已培養農業科技人才4000多名，其中有杰出的中國科學院院士康樂院士以及全國科研院所大專院校的學者專家和各行各業杰出的帶頭人管理者，遍及全國各地、為國家及自治區經濟社會發展做出了巨大貢獻。