東南大學交通學院的前身可追溯到上世紀二、三十年代的國立東南大學交通運輸系及國立中央大學土木工程系的路工組，50～80年代南京工學院土木工程系的道路教研組，1987年成立的運輸工程研究所，1989年成立的交通運輸工程系。

1995年，東南大學為適應當時國家對交通建設人才急切需求的大好形勢及加強交通運輸學科建設的需要，在原運輸工程研究所、交通運輸工程系的基礎上組建成立交通學院。

2000年4月，原東南大學與（交通部）原南京交通高等專科學校、（鐵道部）原南京鐵道醫學院、（國土資源部）原南京地質學校合并，成立新東南大學。其中，原南京交通高等專科學校及原南京地質學校的部分學科、專業并入交通學院，組建成立新交通學院。

交通學院包含6大學科方向、7個系、38個科研團隊（中心），形成了以交通運輸工程國家一級重點學科為核心，以交通運輸規劃與管理、道路與鐵道工程2個國家二級重點學科為龍頭，以交通信息工程及控制、載運工具運用工程、巖土工程江蘇省重點學科、橋梁與隧道工程博士點學科為支撐，交通測繪與信息技術、交通安全工程、交通地下工程、港口航道工程學科為生長點的學科布局。以“系+科研團隊（中心）”為核心建立教學科研管理制度，并建立跨學科的新型科研團隊（中心），實現科學研究、人才培養與社會服務的一體化。

交通學院目前有教職工336人（不含ITS，ITS人事單列），在編教職工237人，人事代理及聘用人員99人。專任教師190人，其中，中國工程院院士1人、國家教學名師2人、國家高層次人才計劃15人、國家青年人才計劃9人。博士生導師95人，教授72人，副教授81人；有博士學位的教師164人，有碩士學位的教師22人。