國家審計學院成立于2015年12月，前身可以追溯到1987年時設置的工業審計系。1993年招收首批審計學專業本科生，2011年獲得全國首批審計碩士專業學位授予權，2019年審計學專業入選國家級一流本科專業建設點。學院辦學定位是以習近平新時代中國特色社會主義思想為指導，堅持社會主義辦學方向，落實立德樹人根本任務，建設國內外有重要影響力的一流審計學院，成為審計人才培養的基地、審計理論研究的高地、審計文化傳播的窗口和審計事業發展的智庫。

學院現有在校本科生1800余人，研究生600余人。學院師資結構合理，現有教師55人，其中高級職稱29人，博士生導師6人，教育部新世紀優秀人才1人，江蘇省“333高層次人才培養工程”6人，江蘇省高校“青藍工程”中青年學術帶頭人2人，江蘇省高校“青藍工程”優秀青年骨干教師培養對象4人，“青藍工程”優秀教學團隊1個，江蘇省“六大人才高峰”高層次人才3人。

學院現有審計學系、政府審計系和資源環境審計系。南京審計大學國家審計研究院、現代審計發展研究中心等機構掛靠我院。學院設有一個本科專業：審計學；兩個本科特色方向：審計學（政府審計方向）、審計學（資源環境審計方向）；擁有審計學學術碩士和審計專業碩士（MAud）學位授予權。審計學專業入選國家一流本科專業建設點、江蘇省A類品牌專業和江蘇省一流專業；審計學教學團隊為國家級教學團隊和江蘇省高校優秀教學團隊；“審計學課程群虛擬教研室”入選教育部首批虛擬教研室建設試點名單。此外，學院還承擔了中國政府審計獎學金項目，為境外國家審計機關培養審計專業碩士人才。

近年來，學院承擔了國家自然科學基金和國家社科基金17項、教育部人文社科基金、審計署重點科研課題、江蘇省社科基金等省部級以上課題52項，在《會計研究》《審計研究》《中國行政管理》等權威期刊發表高質量學術論文67余篇。積極參與國家有關標準的制定，獲中國標準創新貢獻獎一等獎。

近年來，學院黨建工作也取得顯著成績，2022年，學院黨委入選首批江蘇省高校黨建工作標桿院系培育創建單位；2023年，獲江蘇省2021-2022年度高校黨建工作創新獎二等獎。2024年，學院黨委入選“全國黨建工作標桿院系”培育創建單位；教工第二黨支部獲全國高校“雙帶頭人”教師黨支部書記“強國行”專項行動團隊；研究生第二黨支部入選第二批“全省黨建工作樣板支部”培育單位。