學院的發展歷史可追溯至我校1980年設立的高等教育研究室。在朱九思、涂又光、姚啟和、蔡克勇、文輔相等老一輩學者帶領下，學院在服務學校發展方面奠定了良好基礎，并于1986年和1996年先后獲批高等教育學碩士點和博士點。2000年始，以成立教育科學研究院為契機，以新建5100平方米教學辦公大樓為基礎，學院各項事業步入快速發展期。2003年獲批教育經濟與管理博士點，2007年獲批高等教育學國家重點學科，2007年獲準設立博士后科研流動站，2009年獲批為首批教育博士試點單位，2011年獲批為一級學科博士點。

　　目前，學院下設高等教育研究所、院校研究所、教育經濟研究所、教育學研究所、心理學研究所以及《高等教育研究》編輯部、《高等工程教育研究》編輯部；設有院校發展研究中心、區域高等教育發展研究中心、華中大智庫--高等教育發展政策研究院、創新教育和批判性思維研究中心、中國高校教與學大數據分析與咨詢中心5個研究中心；在高等教育學、教育經濟與管理、教育學原理以及教育心理學4個二級學科方向招收和培養學術型博士，在教育領導與管理、學生發展與教育2個方向招收教育博士；在高等教育學、教育經濟與管理、教育學原理、課程與教學論、教育心理學5個二級學科招收學術型碩士，在教育管理、科學與技術教育2個方向招收全日制教育碩士，在教育管理方向招收非全日制教育碩士。

　　學院堅持不同于師范大學發展教育學科的道路，注意探索在理工科大學中發展教育學科的經驗。在國內率先開展大學文化素質教育研究，是教育部大學生文化素質教育指導委員會主任委員和秘書長單位；在國內率先倡導開展院校研究，并發起成立中國高等教育學會院校研究分會；在國內于1986年率先創設首個高等教育研究交流平臺（全國大學教育思想研討會）。學院自2010年底以來一直負責中國高等教育學會高等教育學專業委員會工作，卓有成效地促進了國際國內學術交流。

　　展望未來，學院將借助學校“雙一流”建設資源條件，加大人才引進力度，依托中等規模、團隊化與國際化水平較高的師資隊伍，繼續堅持突出應用性、注重成果轉化和社會服務的發展思路，兼顧服務學校與滿足國家、區域教育改革發展重大需求，加快改革人才培養模式和著力提升人才培養質量，積極拓展高等工程教育、課程教學與學習科學研究，力爭優勢特色學科達到國際一流水平，學科整體實力達到國內領先水平。